センター内の自然
富士自然教育センター内には、広場や樹林地、池、沼、沢といった里山としての環境が備わっており、様々な動植物が生息しています。中には、絶滅危惧種、希少種とされるものも多く、保全・研究が進められています。
天子沼・長者ヶ池
天子沼・長者ヶ池は、センターの中心に位置するほぼ同規模の池です。湧水の他、田貫湖や周辺樹林地から集水された水は、芝川へと流下します。
モツゴ・タナゴ類、コイ等の魚類が生息し、周辺ではアオサギやゴイサギ、コサギ等が採餌、ねぐらとして利用しています。また、冬期にはマガモ、コガモ、ヒドリガモといったカモ類が多く渡ってきます。
また、毎年4月・8月には水面に富士山と富士山頂からの日の出を写したダブルダイヤモンド富士という現象を観測することができます。
草地・広場
池の周囲に芝生広場が広く点在しています。昼間はキジやカモ類の採餌行動が、夜間にはキツネやテン、タヌキの姿も観察されます。
樹林地・沢
センターの東・南側は樹林地が拡がり、数本の沢が流れています。ムササビ、テン、シカ等の哺乳類、小鳥類、モリアオガエル等の両生類、ホタル等が生息しています。西側は隣接する環境省田貫湖ふれあい自然塾へと樹林が繋がっています。